中国商品肉鸡鸡圆环病毒的鉴定与特征

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发表时间：2020-12-18 16:16作者：新和盈

新和盈解读：

圆环病毒是无包膜的球形病毒，具有较短的单链环状DNA基因组，长度为1.7-2.1 kb，是已知的最小的可自主复制的病毒基因组，目前尚未见到鸡圆环病毒引起疫病的相关报道。本文研究表明，从中国某农场严重腹泻的商品肉鸡中分离的新型圆环病毒与鸡的急性感染性胃肠炎高度相关。希望对您和行业有一定的帮助。

Identification and characterization of chicken circovirus from commercial broiler chickens in China

中国商品肉鸡鸡圆环病毒的鉴定与特征

主要结果：

1）本文分离鉴定的鸡圆环病毒（CCV）的测序结果显示，与其他病毒相比，CCV的Cap蛋白（帽蛋白）与圆环病毒具有高度的同源性。序列拼接结果显示，CCV全序列包含1911对碱基（本文将鉴定的CCV分株命名为DSWF分株）；CCV-DSWF分株编码2个假定开放阅读框，Rep(350aa)和Cap(280aa)（Rep属于病毒复制过程中必需的非结构蛋白，Cap是与病毒的感染和免疫密切相关的结构蛋白）。CCV-SDWF的二级结构，在5'端存在潜在的茎环结构，该结构由一个典型的非核苷酸基序（5'-TAGTATTAC）组成；CCV-SDWF在哺乳动物和禽类圆环病毒之间形成了一个独立的分支。同源性分析表明，CCV-SDWF与其他21种已知的圆环病毒的同源性小于40％。.说明CCV菌株是一种新的圆环病毒种。

2）在12例急性感染性肠胃炎患病鸡中均检测到CCV，而在8例健康鸡中则未检测到CCV（0％）。说明，新型CCV分离菌株与鸡传染性肠胃炎有关。此外，通过反向PCR扩增和对12个样品的基因组的测序，其结果表明这12株CCV分离株的基因组同源性超过99％，表明它们是相同的病原体。

方法与材料：

2018年4月山东潍坊市某集约化农舍肉鸡鸡群出现严重腹泻，每个鸡舍内约有一万两千只雏鸡，雏鸡从14日龄开始出现腹泻，21日龄是大面积爆发疾病，发病率和死亡率分别达到30%和12%，所有鸡均定期接种疫苗且服用抗生素后对雏鸡腹泻无治疗效果。

本试验共选取20只雏鸡（12只腹泻雏鸡和8只健康雏鸡）的腺胃，消化道和粪便进行分析，发病雏鸡的临床症状表现，雏鸡消瘦抑郁（图1a），腹泻并伴有白色稀便（图1Bb），腺胃和十二指肠呈急性、弥散粘液样腺胃炎（图1c）或肠炎(图1d)。镜检结果显示腺胃和十二指肠表现为多病灶淋巴细胞性腺胃炎和肠炎（图1e和图1f）。对腺胃炎相关病毒的QPCR检测发现，传染性法氏囊病病毒（IBDV），鸡传染性贫血病毒（CIAV），禽呼肠孤病毒（ARV），禽J亚型禽白血病病毒（ALV‐J），马立克氏病病毒（MDV），网状内皮病病毒（REV），传染性支气管炎病毒（IBV）和鸡前庭坏死病毒（CPNV）均为阴性。

使用PacBio-RSII测序平台对病毒进行了高通量测序，进一步鉴定病原体。BLASTx进行转化子读取和搜索相同病毒序列，使用逆转录聚合酶链反应(反向PCR)对CCV的全基因组进行验证，CCV开放读码框用Snap基因4.1.0软件检测，CCV二级结构用RNA结构6.0.1软件预测。系统发育分析采用MEGA 6.0软件，雏鸡粪便样中DNA使用DNA提取盒提取，使用CCV探针对进行CCV的鉴定。采用逆转录聚合酶链反应（PCR)扩增12个CCV基因组序列，测序拼接，使用MegAlign软件比较核酸同源性。

主要图表说明：